Glib · Wiki ·

March 12, 2010

12 March, 5:53pm

El próximo lunes estaré cruzando de nuevo el Atlántico para ir a México (¿ir a casa?). Como siempre esos viajes emocionan y agobian un poco. Emoción por volver al sol, al calor, a los volcanes y a la gente con la que se tiene lazos indelebles. Agobio por tantos kilómetros que hay que seguir cargando en las espaldas, por romper la seguridad de la rutina.

Particularmente ahora tengo una agenda algo apretada. Dentro del país estaré de arriba para abajo, re-encontrando viejas amistades, y he quemado mis embarcaciones: ya no tengo boleto para volver a ir de nuevo, así que posiblemente no vuelva al terruño en mucho tiempo. Desde cierta perspectiva se podría argumentar que me ha costado mucho romper con ese cordón umbilical que me une al confort de la idiosincrasia conocida.

Además de la nota al margen sobre la visita, tenía en mente escribir sobre un hecho cotidiano que me sorprendió reconocer o más bien, diseccionar: mis conversaciones matutinas. Antes de mudarme al nuevo piso, con nueva compañía, mientras compartía con las marmotas, mis mañanas eran de una intensa soledad. Me despertaba en medio de una cama enorme y vacía, generalmente ovillado y aterido en alguna esquina. Después de una meada sin haber despertado, me encaminaba hacia la cocina y cada paso la consciencia tomaba posesión del cerebro aun en la confusión del sueño amorfo. Tan pronto como comenzaba el sacrosanto ritual del café en mi cafetera italiano-cubana, la conversación comenzaba. Y es esta charla interior la que quiero resaltar.

Noté un patrón curioso en toda regla, la conversación siempre era unidireccional, sólo había una voz, pero siempre había otro ente en mi que escuchaba. Los neurólogos afirman que los lóbulos del cerebro pueden funcionar de manera independiente, y aun más, pacientes con epilepsia que fueron tratados con una callosotomía (escisión del cuerpo calloso) realmente tienen evidencia de dos cerebros pensando independientemente. Más aun, se ha notado una cierta lateralidad en las funciones cerebrales, sobre todo en las relacionadas con el lenguaje, donde el lado izquierdo tiene una mayor influencia, y el lado derecho se inclina más por el procesamiento de la información perceptual.

Por otro lado, desde Freud, los psicólogos han trabajado bajo la hipótesis de la existencia de una mente inconsciente y otra consciente, identificando al "yo", dentro de la mente consciente, al "ello" dentro de la mente inconsciente y al "super-yo" en medio de ambos. El yo se rige bajo el principio de la realidad, "distingue" la realidad y se adapta a ella; el "ello" se rige bajo el principio del placer y está más cercano a los instintos; y el "super-yo" es un idealización del yo, el policía represor del yo y del ello.

Dicho lo anterior y volviendo a mi charla interior, repito, hay de manera constante dos actores: uno que habla, que posee el don de la verbalización, y otro que no habla, simplemente porque es incapaz de hacerlo, sin embargo, es quien siente, el poseedor de las emociones puras y duras. El que habla es brutal, es desconsiderado, y fácilmente pierde contacto con la realidad planteando reprimendas tremendas y cursos de acción llenos de megalomanía; mientras que el otro actor es el reprendido, que se siente triste y abandonado. Sin embargo, es patente que el actor sin voz es mucho más fuerte y grande que el que habla, y siempre hay un temor en el aire de que pierda el auto-control. Pero el actor hablante es impenitente, despiadado y plantea castigos y cursos de acción llenos de represión y sacrificio.

Pero una vez con el café expreso en el organismo, la realidad parece tomar su lugar y decido hacer callar al monologuista y consuelo al gran sentimental.

Llegué a cansarme de este montaje, ya que se repetía diario. El silencio lo traía al proscenio mental. Y definitivamente, con el cambio de compañía matutina, donde la conversación real, interpersonal, existe, no hay necesidad de discusiones intestinas, y el hablante y el sentimental se doblegan ante la presencia de otro ser humano.

Todo esto es charla informal. No estoy indicando ninguna liga entre la lateralidad y los entes freudianos. Es sólo una observación que me sorprende ante una aparente coincidencia con la ciencia aceptada actualmente del funcionamiento del cerebro.

March 11, 2010

New keyboard


10032010157.jpg

I was talking the past week that my keyboard is dead.

I ask for a replacement and it arrives today!. Yup!. nothing new about this keyboard, the same layout, the same size.. just that this is matte, and suddenly this keyboard will show small shining spots where I hit the keys, something that I don't really like.

Anyway, this keyboard let me work again, and I'm happy for that.

Benjamin Maniac
On other news... Naa. This Monday and Tuesday I was in Salamanca working, and it was nice to see my workmates again :-). ICTC bought new computers with CoolerMaster case, Intel Core i5 and 24 inch. monitors... damn, what a great time to leave the office don't you think?. I hope I can buy one of those screens soon.

I met xbitcarry, and we talk about projects, life and some other less interesting stuff, we found an open wireless network on the main park in Salamanca, it was good to see him again, I wish I had more time to visit many other friends that we (cristina and I) leave in salamanca.

March 10, 2010

dbc1ef54919f6a19659edf5b714050a7.media.150x150

Curiosidades del destino, apenas hoy me entero que ya está JDownloader en su versión para Linux. Para quien no lo sepa, JDownloader es:

Es una plataforma de código abierto escrita completamente en Java, diseñado para simplificar la descarga de archivos de servidores como Rapidshare.com o Megaupload.com, no solo para usuarios con cuenta Premium sino también para los de cuenta gratuita.

No lo odien hasta no probarlo, y ahora disponible para Linux en:

http://jdownloader.org/home/index


March 09, 2010

Amor castúo en Extremoduro

¡Mierda!
¡Qué mierda! ¡Qué mierda más gorda!
¡Qué asco de idealismos sociales!
Qué asco de ilusiones, sólo llenas de falsas esperanzas.
¿Dónde están las bonitas verdades? Por aquí no andan.
Si acaso, de vez en cuando, pasan como tormentas de verano por mis asquerosos pensamientos.


http://www.goear.com/listen/154f6c4/amor-cast%C3%BAo-extremoduro

kbyte

Pues hace un par de meses que le sigo la pista a dos series mexicanas, que la verdad me han dejado muy buen sabor de boca… Y no me refiero a las jaladas que sacan en el canal de las estrellas o en el canal cinco (… aunque la primer temporada del Pantera estuvo chidilla), me [...]

March 06, 2010

My farewell of Arthur Dent

  1. As leis fundamentais da estupidez humana. Carlo M. Cipolla. (01/29/2010 - 01/31/2010)
  2. The hitchhiker's guide to the galaxy. A trilogy in four parts. Douglas Adams (01/01/2010 - 03/06/2010)
¡Uf! Lento pero seguro. Finalmente terminé este libro que tenía pendiente. Y sí, en inglés ¡y de Inglaterra! Lo malo de entender mejor un idioma es que más percibes los insidiosos errores en los que uno incurre. ¡Dios! Releer el último correo electrónico que envié me hace palidecer de ignominia.
En fin. Por el momento escribo estas líneas para celebrar el punto final del libro y comenzar con el siguiente. Tenía pensado seguir con otro libro en inglés, pero ya basta por el momento. Tomemos uno traducido al familiar castellano.

March 05, 2010

Python MySQldb little trick

if you are using Python and MySQLdb you may find that using special chars like ñ or ó break the program raising an DecodeError because character xxx is not in the range...
MySQLdb has a way to set the charset for the connection but it is useless if you are using MySQL prior to 4.1. If you are having problems with this, then try doing this:
import MySQLdb
import sys
reload(sys)
sys.setdefaultencoding('latin-1')
 
Replace "latin-1" with your desired encoding and try it.

March 04, 2010

My keyboard is dead




01032010105.jpg

Originally uploaded by markuz



Yesterday, when I came to work, I found that my computer didn't boot up and started to make a beep several times, actually it was a never ending beep. I tough that it was my computer hard drive, but after disconnect it, the beep didn't stop.
I found that it was like a key being pressed, but nothing was pressing any key, so,after hitting every key just to make sure, I boot the computer, and it did start, but something wasn't working fine.
I discovered that the Shift button was not working, and the "home" key was always pressed, I removed the keyboard and clean the connection, but it wasn't working.
I fought yesterday, trying to make it work, but at the end of the day it wasn't. The fix... disconnect the laptop keyboard,work with an external keyboard, ask for a new one, I hope it comes soon, because working with an external keyboard is not good.

Más...

Hace un par de dias me di cuenta que tenia un respaldo de mi anterior blog (lepedre), que hace ya casi un año que lo di de baja, mas que nada por motivos de tiempo. Lo descuide a tal punto que se vencio el dominio y ni cuenta me di… Entonces a falta de varo para [...]

March 03, 2010

March 02, 2010

El Diente Flojo

Esta en los genes del ser humano tratar de buscar la seguridad patrimonial, y el comun denominador es el buscar un trabajo estable, con quincenas seguras, buenas prestaciones que permitan el gastar lo que no se tiene. Llamese casa carro televisión HD etc.
Desde que recuerdo mi gusto por el riesgo siempre ha estado presente, cuando “termine” mi carrera fue muy dificil decirle a mi padre que no era de mi interés formar parte de las filas sindicalizadas de los trabajadores de la educacion, pues es bien conocido que cualquier hijo de un trabajador sindicalizado tiene el derecho de tomar el lugar de su padre o madre.
Independientemente de mis creencias politicas, en las que creo que los sindicatos son uno de los mayores contribuyentes para que Mexico no avance, estaban las ganas de hacer algo mas con mi vida. Aunque no conozco en un 100% que es lo que busco, debido a que mis planes han tomado varias correciones con el paso de los años  si se lo que NO busco, cuarenta y tantos años de hacer algo que no me apasione.

No esta mal ser de las personas que buscan seguridad para su familia o para si mismos, en varias ocasiones he envidiado a muchos amigos mios que pueden disfrutar el alivio que se siente estar a un día del día de paga y yo sin tener un centavo. Solo digo que no creo que sea para mi.
Aunque hace algunos años trate de incorporarme a las filas corporativas , no dure demasiado; solamente un año, y durante ese año mis pensamientos siempre estuvieron enfocados a hacer lo mio, no me habia puesto a pensarlo hasta el día de hoy y es algo que me sorprende , a mis 29 años solamente he tenido un trabajo en forma, de esos con seguro medico, vales de despensa y toda la cosa, de ahi en más todo ha sido tratar de buscar lo que es mio.

El tratar de emprender lo podría describir como ese dolor de diente  que esta por caerse. Lo mueves , duele pero es un dolor que invita a seguir moviendo ese diente, vamos es un dolor disfrutable.

Así es como me siento en estos momentos, a ya casi 6 meses de comenzar esta aventura que es tener una empresa que fabrica software hecha y derecha a veces siento dolor, pero un dolor que se disfruta. No porque las cosas vayan mal, si no porque pueden ir todavia mejor. Tanto que he aprendido y tanto que me falta por aprender . Estoy en el punto que mi interes no es hacer por hacer sino hacer por disfrutar, y me he dado cuenta que para continuar haciendo  y disfrutando  me tengo que rodear de personas que saben de lo que hablo. Para hacer lo que  estoy por hacer, ando en busca de gente que sienta lo que yo, que tenga esas ganas de destacar, y que quieran todo el paquete, Diversion, Reconocimiento y dinero.

En pocas palabras, esto es una invitacion a formar parte de mi equipo y emprender. Una invitacion a aquellas personas con talento y con ganas de tomar ese riesgo, que disfruten del proceso mas que de los beneficios, ustedes saben a que me refiero, te invito a formar parte en el desarrollo de un producto que a mi forma de ver cambiara la vida de muchas personas incluyendo la tuya, y para que no haya duda lo quiero dejar muy claro, me interesa Tu talento ,imaginacion, y esfuerzo por lo cual no pienso pagar NADA, mas que  un porcentaje de un producto que al final podría valer cero, mas claro ni el agua, te invito a formar parte de lo que podría ser la Cagada mas publica de tu vida, y al final quedarte solo con el aprendizaje de que es lo que NO hay que hacer al emprender.

Asi que venga, si te interesa y cumples con los requisitos sois bienvenido, contactame a sinue.garcia en los servidores de gmail, y dime que es lo que te hace especial;  si esto no es de tu interes solo me queda darte las gracias por leer.

Cristina is a Linux user




Cristina is a linux user

Originally uploaded by markuz



My wife knows (almost) nothing about computers, but she enjoy using Linux on her computer. She find it easier than Windows.
She also enjoy using my Linux t-shirts

Pinta en la barda de mi edificio


Esta pinta, que en la barda del edificio donde vivo ahora, me parece muy inspiradora.

Jesús García

Rayos, al parecer estoy enfermo… todo en mi cabeza da vueltas y veo un poco borroso… el tamaño de la letra con la que escribo (no con la que publique) pare una cursiva borracha y grande. Creo han sido esas tostadas del “argentino” pirata de F.C.Q. que usa el acento pero tiene tremendo nopal en [...]

February 28, 2010

28 February, 5:16pm

Termina febrero y se cierran un par de capítulos. Exagero, no serán capítulos, sino tal vez apartados: me mudé de piso y terminé formalmente mi participación en application manager.

Finalmente resolví dejar a la familia marmota atrás. Vivo más lejos de la oficina, tengo una cama más pequeña, el baño lo vuelvo a compartir y pago más alquiler. Pero nada de eso se compara al hecho de dejar atrás gente que sólo succiona energía, dinero y paciencia.  Llegué al piso de Rafael Alberti justo al llegar a La Coruña, donde conocí a L. y a C., con quienes me llevé bastante bien, no así con Lo. (de quien ya hemos discutido en este espacio) que a los seis meses después de que llegué, para mi alegría, se marchara. Luego pasó fugazmente una chica llamada A., quien fue sustituida por Lu., con quien trabé una buena amistad. Lastimosamente C. y Lu. se marcharon a su nido de amor, y los siguieron L. y D. (novia de L.). Al marcharse primero C. llegó E., quien a las primeras de cambio mostró su personalidad autoritaria, altiva, infantil y con una autoestima deplorable. Cuando Lu. siguió a C., llegó H., un argentino que mostraba su pasaporte español a la menor provocación, aunque sin formación profesional ni ánimos de tenerlos, se empeñaba por conseguir un empleo de cara-bonita-y-por-favor-no-me-exijan.

Y así se formó la familia marmota: E., quien era mamá marmota, protegiendo a su marmota H., quien a su vez agradecía dicha protección con toda su devoción y lealtad.

Por mi parte, tenía suficiente con ese par y al irse L., les rogué no buscar más gente, mas en su precaridad económica me pasaron por alto y trajeron a M., la marmotilla, la segunda hija de mamá marmota.

Ver todos los días, tarde tras tarde, noche tras noche, a un trío de chicos, en la flor de la juventud (19-29 años), con las habilidades físicas e intelectuales a tope, tirados en el sillón, viendo la basura televisiva (prensa rosa sobre todo), derrochando el tiempo, cometiendo el peor de los pecados: no hacer nada interesante con sus vidas, me asqueaba.  Pero muy su problema, podríamos argumentar, mientras no interfirieran conmigo. ¡Error! Convivir con ese tipo de gente succiona energía, deprime, desgasta emocionalmente y ¡hasta económicamente! ya que H. en varias ocasiones me pidió dinero prestado "por que le iba a tardar más el cheque del paro".

Pero me he mudado de hábitat y ahora tengo que ahora mudar de hábitos. También falta hacer los trámites burocráticos acarreados con el cambio de domicilio. Esto todavía no acaba.

Asimismo, mi participación en el Application Manager ha terminado formalmente, y la experiencia vivida ha sido increíble. Pero a año y medio de trabajar en él, estoy francamente fastidado. El mantenimiento de software, como ya bien había dicho M., es un estancamiento profesional abrumador. El proyecto había pasado de ser una "legacy application", a un proyecto donde las especificaciones se escribían al-vuelo, para finalmente convertirse en el último recurso para los hacks y workarounds del sistema. El mero hecho de llegar a la oficina y comenzar la rutina de bugzilla/chat/emacs era como ponerse una loza encima y mutilar la creatividad.

Ahora llegan nuevos proyectos, lo malo es que no están tan bien remunerados como el anterior, nuevos clientes, nuevos caminos.

Ya veremos esta nueva aventura a dónde lleva. Estoy contento. Con miedo, pero contento.

Pantallazo

Ha llegado a 10,000 visitas el blog, un numero grande tomando en cuenta el contenido tan variado e insalubre que tiene.

February 27, 2010

Precimoda




Precimoda

Originally uploaded by markuz



It looks like Canonical and Grupo Reyma joined forces to make shoes

February 23, 2010

Egomaniacos mensajes

Ayer deje abierta mi sesión en un cluster remoto, después de un rato de inactividad esta termino la sesión, pero antes de cerrarse me toco ver estos mensajes, supongo que por el sistema de mensajes del MPI y no tengo idea de quien los mando:

Broadcast message from clase_distribuidos_itesm4 (pts/8)
(Mon Feb 22 19:58:07Dominaremos el mundo con pthreads

Broadcast message from clase_distribuidos_itesm13 (pts/14)
(Mon Feb 22 19:58:callate

Broadcast message from clase_distribuidos_itesm4 (pts/8)
(Mon Feb 22 19:58:37Callame

Broadcast message from clase_distribuidos_itesm18 (pts/18)
Mon Feb 22 19:58:bye
}^_

Broadcast message from clase_distribuidos_itesm17 (pts/19)
Mon Feb 22 20:25:largate a Canad?

Me gusto el largate a Canadá, sobre todo con los olímpicos que hay ahora.
Eso me recuerda que varios programadores en su etapa de aprendizaje son bastante ocurrentes (y mal hablados) en sus primeros pininos de código.

February 20, 2010

Jesús García

Me incomoda en gran manera el hecho de que no se respeten los señalamientos de “no fumar”, y sobre todo que no se haga de toda la facultad una zona libre de cigarro, es en verdad incomodo salir del ejercicio y toparte con personas que te dañan irreversiblemente los pulmones, me dan ganas de apagarles [...]

February 18, 2010

Maping TFBS in a sequence

I needed to test some sequence for known TFBS, I was looking for: (1) a public database of TFBS and (2) a program to search the motifs in a sequence(s). First I found Jaspar as an alternative to the commercial TransFac DB, I downloaded the matrices for vertebrate.

The second problem was to find a program to search the motifs in any sequence, I did not find any updated program (many are published, but few websites are active nowadays).

So, I decided to write my own program, I share the code if anyone can use it:

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Getopt::Long;

=head1 NAME

jasparScan.pl

=head1 USAGE

jasparScan.pl -f FASTA -m MATRIX [-s MODELS] [-c CUT_OFF]

OPTIONS:

-h --help Help screen

-f --fasta Fasta file to scan

-m --matrix Jaspar motif matrix

-s --models List of models, separated by ':' [Def: all]

-c --cutoff Similarity cut-off [Def: 0.90]

=head1 DESCRIPTION

Script to map a TF binding site matrix (from Jaspar DB)
into a fasta sequence. The similarity is defined as a
value between 0-1 (1 is the best match). Base by base
are compared in the matrix frequencies and normalized
by the best match expected. This scoring system is based
on a reduced MatInspector similarity matrix (Quandt et
al, 1995).

=cut

# Program parameters
my $fasta = undef;
my $matrix = undef;
my $models = undef;
my $help = undef;
my $cutoff = 0.9;

usage() unless (GetOptions('help|h' =>\$help,
'fasta|f=s' =>\$fasta,
'matrix|m=s'=>\$matrix,
'models|s:s'=>\$models,
'cutoff|c:s'=>\$cutoff ));
usage() if(defined $help);
usage() unless(defined $fasta and defined $matrix);

# Header print
print "# jasperScan.pl\n";
print "# FASTA=$fasta, MATRIX=$matrix, CUTOFF=$cutoff";
if (defined $models) { print ", MODELS=$models"; }
print "\n";

# Global variables
my %seqs = ();
my %mods = ();
my $sid = '';
my $seq = '';
my $num_seq = 0;
my $num_mod = 0;

# Loading sequences
$num_seq = loadSeqs($fasta);
if ($num_seq >= 1) {
print "# loaded $num_seq sequences\n";
} else {
die "no valid sequences\n";
}

# Loading matrix models
if (defined $models) {
$num_mod = loadMods($matrix, $models);
} else {
$num_mod = loadMods($matrix);
}

if ($num_mod <= 1) {
print "# loaded $num_mod models\n"
} else {
die "no valid models\n";
}

print "# SEQ\tPOS\tTFBS\tSIMIL\tRAW_SIM\tBEST_SIM\n";
# Main search
while ( ($sid, $seq) = each %seqs ) {
foreach my $mod (keys %mods) {
my $len = $mods{$mod}{'len'};
my $best = $mods{$mod}{'best'};
for (my $i = 0; $i <= ((length $seq) - $len); $i++) {
my $word = substr($seq, $i, $len);
next if($word =~ /[^ACGT]/);
my $sco = 0;
my $sco_n = 0;
for (my $j = 0; $j <= ($len - 1); $j++) {
my $b = substr($word, $j, 1);
$sco += $mods{$mod}{$b}[$j];
}
$sco /= $len;
$sco_n = $sco / $best;
next unless ($sco_n >= $cutoff);
my $ini = $i + 1;
my $end = $ini + $len;
print "$sid\t$ini-$end\t$mod\t$sco_n\t$sco\t$best\n";
}
}
}


=head1 SUBROUTINES

=cut

sub loadSeqs {
my $f = shift @_;
my $n = 0;
open F, "$f" or die "cannot open $f\n";
while (<F>) {
chomp;
if (/>(.+)/) {
$sid = $1;
$n++;
} else {
$seqs{$sid} .= $_;
}
}
close F;
return $n;
}

sub loadMods {
my $file = shift @_;
my $sel = shift @_;
my %sel = ();
my $n = 0;
if (defined $sel) {
my @sel = split (/:/, $sel);
foreach my $elem (@sel) { $sel{$elem}++; }
}
local $/ = "\n>";
open F, "$file" or die "cannot open $file\n";
while (<F>) {
if (defined $sel) {
/MA\d{4}/;
my $id = $&;
next unless(defined $sel{$id});
}
s/>//g;
s/\]//g;
s/\[//g;
my ($name, $fA, $fC, $fG, $fT) = split (/\n/, $_);
my @fA = split (/\s+/, $fA); shift @fA;
my @fC = split (/\s+/, $fC); shift @fC;
my @fG = split (/\s+/, $fG); shift @fG;
my @fT = split (/\s+/, $fT); shift @fT;
my $best = 0;
my $len = 0;

for (my $i = 0; $i <= $#fA; $i++) {
my $sum = $fA[$i] + $fC[$i] + $fG[$i] + $fT[$i];
$best += max($fA[$i],$fC[$i],$fG[$i],$fT[$i])/$sum;
$mods{$name}{'A'}[$i] = $fA[$i] / $sum;
$mods{$name}{'C'}[$i] = $fC[$i] / $sum;
$mods{$name}{'G'}[$i] = $fG[$i] / $sum;
$mods{$name}{'T'}[$i] = $fT[$i] / $sum;
$len++;
}
$mods{$name}{'best'} = $best / $len;
$mods{$name}{'len'} = $len;
$n++;
}
close F;
return $n;
}

sub max {
my $max = shift @_;
foreach my $x (@_) {
$max = $x if($x > $max);
}
return $max;
}

sub usage {

print <<_THIS_
jasparScan.pl -f FASTA -m MATRIX [-s MODELS] [-c CUT_OFF]

Script to map a TF binding site matrix (from Jaspar DB)
into a fasta sequence.

OPTIONS:
-h --help Help screen
-f --fasta Fasta file to scan
-m --matrix Jaspar motif matrix
-s --models List of model to use, separated by ':' [Def: all]
-c --cutoff Similarity cut-off [Def: 0.9]

Juan Caballero @ ISB 2010

_THIS_
;
exit 1;
}

=head1 AUTHOR

Juan Caballero
Institute for Systems Biology @ 2010

=head1 LICENSE

This is free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.

This is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
GNU General Public License for more details.

You should have received a copy of the GNU General Public License
along with code. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.


=cut

Any nice script to color my code inside Blogger?

February 17, 2010

Video: Hitler Finds Out About Windows Mobile 7 Series




Just another video about Hittler but this time "talking" about Windows Mobile 7 Series

February 15, 2010

February 14, 2010

Jesús García

Hoy sera el segundo 14 de febrero que paso junto con Ana. Y tengo que dar clases, supuesta mente desde las ocho de la mañana, solo que no han llegado los alumnos supongo es difícil que en domingo lleguen a esa hora que pocas veces han visto marcada en los relojes… [...]

February 13, 2010

13 February, 10:00am

En abril del 2008 llegué a Coruña. En un mes y fracción cumpliré dos años radicando en esta parte del mundo. Un dato curioso es que desde que me salí formalmente de la casa paterna, no he vivido más de dos años en un sólo lugar: dos años en Cuernavaca y dos años en Monterrey. Ahora cumplo dos años en Coruña. Y lo más extraño es que en mi percepción, los dos años de Cuernavaca fueron extensísimos, llenos de viviencias y de crecimiento personal. Los dos años en Monterrey se me fueron más rápido, y aunque no los sentí tan apasionados por los dos anteriores, también fueron colmados de emociones, aventuras y aprendizaje. Y ahora casi se han ido dos años más de mi vida en esta nueva empresa. ¿El balance? Confuso. Por un lado encuentro que varios de mis sueños y propósitos de vida se han ido cumpliendo: desarrollar software libre, viajar por el mundo, conocer e interactuar con gente asombrosa; pero por otro lado, no me siento satisfecho. Me encuentro en un estado constante de insatisfacción. Es como tener la sensación de que, independientemente de dónde me encuentre, debo estar en otro lugar, ocupado en otra actividad. Pero al mismo tiempo siento una pereza inconcebible por cambiar mi usual inamovilidad. Por ejemplo, la mudanza que llevo dilatando por meses (aunque ya ahora tengo pasos dados), o las intensiones de regresar a la literatura más formal.

Pero el propósito de este apartado no era un balance de los dos años en España. Es algo más inquietante para mi. Cuando volamos para Bruselas el fin de semana pasado, Claudio me mencionó que después de los dos años de residencia en España, viniendo de un país latinoamericano, es posible aplicar para la nacionalidad.

A pesar de ser un creyente de los conceptos como aldea global, ciudadano del mundo y un mundo sin fronteras, siempre me he asumido como mexicano y jamás pasó por mi mente adoptar otra idiosincrasia. Y la idea de abandonar lentamente mis ataduras a México y optar por otras de otro lugar, me resulta avasalladora. Pero seamos racionales. ¿Qué es la nacionalidad? En su forma más simple es un término legal para establecer la juridicción que tiene el estado sobre una persona, y la protección que ésta obtiene de dicho estado. Nada más. Desde esta perspectiva, como observó Sole, la nacionalidad es un papel más que te simplifica muchos trámites, haciendo luego la analogía entre matrimonio y nacionalidad: estar casado ente la ley no implica un compromiso de pareja, es un recurso legal que simplifica varias actividades sociales. Si vives y te desenvuelves en un entorno fijo, lo mejor es que también participes en los mecanismos de decisión de esa comunidad.

Sin embargo, desde que me planteé estos problemas de nacionalidad, cuando leía sobre los mexicanos que van a los Estados Unidos y allá radican, pero no se integran a la sociedad norteamericana, no se esfuerzan en aprender inglés ni en adoptar las costumbres locales, sino por el contrario, forman sus barrios y sus réplicas en pequeño de su México, me daba vergüenza y tristeza. Lo pensaba de manera reflexiva: si un extranjero llega a México y se queda a radicar, para mi sería importante que él se integre a la dinámica social mexicana, que se integre, que se asimile y sea parte de ella: que coma chile, que entienda albures, que guste del mariachi, la música norteña, que se arrobe ante la indómita naturaleza y que intente digerir toda la cultura existente. En pocas palabras, que se esfuerce por ser un mexicano... con un plus: que inocule las cosas positivas de su idiosincrasia y critique con vehemencia lo que ve como insidioso. Y eso mismo quisiera que hicieran los paisanos que se van a Estados Unidos. Y eso mismo quisiera hacer si me decido optar por la nacionalidad española.

Sé que tendría la doble nacionalidad, que no perdería la nacionalidad mexicana, pero me causa una sensación de congoja la visión de relegar mi origen en un segundo lugar para involucrarme en la sociedad que me da acogida y que espera de mi un compromiso de vinculación. Por otro lado, la sociedad gallega me gusta mucho, su verdor, y ya hasta me gusta su lluvia, me gusta su comida, sus tascas, sus playas y sus bosques. Me gusta la tranquilidad con la que se vive y me gusta la carencia de formas exageradamente corteses y hasta zalameras como las del mexicano. Como diría Manu Chau: "Me gusta la Coruña. Me gustas tú".

February 08, 2010

Instantaneas de Bruselas

Acabo de regresa del FOSDEM 2010.
Por el momento los dejo con algunas instantáneas de Bruselas, Bélgica:















ubuntu_cheat_cube

Hace tiempo publiqué la Tarjeta de Referencia para Debian y sus derivados, pues en esta ocasión les comparto el Cubo de Referencia de comandos de Ubuntu, vía Ubuntu Life y re-hospedada en mi sitio por si desapareciera, que me ha pasado.

Disponible para su descarga aquí.


Playing with Nokia S60.




Me :-)

Originally uploaded by markuz



I've just started playing with Nokia S60v5. I'm currently using Python to develop some learning stuff. Remember, Symbian is now Open Source, a little bit late, but Open Source at the end.

February 04, 2010

Pantallazo-Potassium

Hoy fue un día doloroso, regrese después de un puente escolar (mas no laboral) al gimnasio de la alberca universitaria y me di cuenta que despumes de cuatro dias sin hacer nada todo el avance se pierde (o al menos asi me pareció) después de hacer cuanto pude de mi rutina. Asesorías, saliendo de las [...]

February 02, 2010

BioHackathon3 8-12 Feb 2010


The 3rd DBCLS BioHackathon for interpreting biological knowledge with Semantic Web technologies will be held during 2010/2/ 8-12 in Japan.

Objectives

DBCLS is working on the integration of biological resources. To achieve this goal, we have been organizing BioHackathons since 2008 to survey existing efforts and develop integrated environments with open source software and public services. Themes of the hackathons evolved year by year, and we are continuously providing cutting edge developers with opportunities to gather for utilizing state of the art technologies to emerging demands in life sciences.

Facing to unprecedented amount and variety of biomedical data, it is required to consolidate related information and facilitate efficient interpretation of the accumulated biological knowledge. Therefore, we selected the Semantic Web as its main theme this year. Topics may include but not limited to:

  • Queries
    • Targeted queries to be resolved by the Semantic Web technologies.
  • Datasets
    • List currently available and/or still missing datasets (as Linked Data / RDF) to resolve the above queries.
  • Stores
    • Develop our own or survey existing extensible storage systems for RDF triples and functional query interfaces.
  • Tools
    • Develop common APIs among Open Bio* projects for RDF stores and SPARQL endpoints.
    • Develop a set of programs including loaders and converters for RDF data.
    • Develop supporting text mining systems and end-user applications.

About the Hackathon

The hackathon (hacking + marathon) basically is a camp where invited participants discuss current issues and implement software to solve them on site collaboratively. This kind of meeting is very effective for the intensive development of projects, because face-to-face meeting of the developers, who are usually scattered around the world, accelerates their communication and collaboration.

BioHackathon 2010 is sponsored by Database Center for Life Science ( DBCLS) and Computational Biology Research Center ( CBRC). DBCLS is a national center responsible for sustainable life science databases in Japan and CBRC is a national research organization for bioinformatics.